Toutânkhaton de son nom de naissance, serait né à Thèbes ou à Amarna où il grandit dans le cercle de la famille royale. Son nom signifie « L'image vivante du dieu Aton », c'est-à-dire une réincarnation terrestre d'Aton.
La filiation de Toutânkhaton reste un mystère. Sa mère est-elle une simple épouse du harem royal, ou bien est-elle Tiyi, la grande veuve royale du pharaon Amenhotep III, ou encore Kiya mystérieuse épouse secondaire d'Amenhotep IV, connu aussi sous le nom d'Akhénaton, ou, comme il est admis aujourd'hui par une grande majorité de spécialistes, est-il le fils d'Amenhotep IV et de la reine Néfertiti ?
Ses origines restent donc très obscures, de plus durant le règne d'Horemheb, un de ses successeurs, son nom et celui des souverains amarniens précédents sont effacés.